Лютеранская община была создана в 1731 году в здании Первого кадетского корпуса. В 1834 году община была названа во имя архистратига Михаила. В 1841 году император Николай I приказал перевести церковь в частное здание, однако повелел выплачивать приходу средства из казны на наём. Тогда же состоялось разделение единой общины на немецкую и эстонскую. Формально эстонский приход был организован в мае 1842 года, на казённые деньги члены прихода снимали дом для собраний.
Церковное здание на Офицерской улице было заложено 24 июня 1859 года, на 800 мест (проект — архитектор Г. А. Боссе, строительство — архитектор К. К. Циглер фон Шафгаузен), освящено 27 ноября 1860 года. Здание было построено в псевдороманском стиле. Церковь имела большую шатровую колокольню. Для строительства была выделена значительна сумма из казны, остальное собрали сами прихожане, наибольшую активность среди которых проявляли барон Е. Ф. Мейендорф и лейб-медик Шольц. Всего расходы на здание составили 65 тысяч рублей серебром.
К приходу также относился ряд филиальных домовых церквей, в том числе при тюрьмах. При приходе функционировали церковная школа, богадельня и приют для сирот.
В 1930 году церковь была закрыта. Затем здание было перестроено в конструктивистском стиле, колокольня снесена, к главному фасаду пристроена лестница, внутри были сделаны перекрытия между этажами. Фасад был оштукатурен. Внутри здания расположился клуб.
![](https://solafide.ru/wp-content/uploads/2022/06/%D0%91.%D1%8D%D1%81%D1%82%D0%BE%D0%BD%D1%81%D0%BA%D0%B0%D1%8F_%D1%86%D0%B5%D1%80%D0%BA%D0%BE%D0%B2%D1%8C_%D1%81%D0%B2.%D0%98%D0%BE%D0%B0%D0%BD%D0%B0-743x1024.jpg)
В 1993 году в Санкт-Петербурге была зарегистрирована эстонская лютеранская община, которой 29 мая 1997 года было передано здание. С 25 ноября 2000 года здесь проходят регулярные молитвенные собрания и богослужения на эстонском языке. Приход входит в Церковь Ингрии. С 2020 года начали проходить регулярные богослужения также и на русском языке.
В 2009 году начата реставрация церкви, были восстановлены колокольня и фасад, которому вернули его исторический облик. Деньги — 3,1 млн крон (около 200 тысяч евро) — выделил бюджет Министерства культуры Эстонии.
20 февраля 2011 года, после завершения реставрационных работ состоялось открытие и освящение церкви Святого Иоанна. В церемонии принял участие президент Эстонии Тоомас Ильвес.
![](https://solafide.ru/wp-content/uploads/2022/06/Streets_Sankt-Peterburg_sent2011_3924-768x1024.jpg)